Музей истории Пермского университета создан в 1973 году. В музее хранятся коллекции греческих и египетских предметов из бронзы, стекла, кости и керамики, русского и восточного декоративно-прикладного искусства, западноевропейской графики, появившиеся в университете в первое десятилетие его существования (1916-1925 годы). Некоторые из них была подарены меценатами и профессорами, другие куплены у коллекционеров или получены после национализации частных коллекций. С 1970-х годов в музее формируется фонд по истории университета.
Экспонаты музея неоднократно были представлены на выставках в ГМИИ им. А.С.Пушкина, Третьяковской галерее, Пермской художественной галерее, Музее современного искусства PERMM и др.
Музей регулярно проводит тематические «Ночи музеев», принимает участие в городских межмузейных проектах для детей и подростков, в проектах по развитию инклюзивной среды в музее, в международных фестивалях и культурных программах с выставками, лекциями и мастер-классами. При музее существует студенческая лаборатория 3D моделирования и цифровых музейных технологий, в рамках которой проходит оцифровка коллекций, создание 3D моделей экспонатов и виртуального музея.
В 2016 году музей стал победителем грантового конкурса «Меняющийся музей в меняющемся мире» Благотворительного фонда В. Потанина с проектом «Campus Martius, или Как стать гражданином Пермского университета». Цель проекта – популяризация античных коллекций музея.
В 2018 году реализованный проект «Campus Martius, или Как стать гражданином Пермского университета» стал лауреатом премии международного комитета университетских музеев (UMAC ICOM). Он был признан лучшим среди музейных проектов по вовлечению сообществ в жизнь университета в разных странах мира.
В 2018 году к музею присоединился фонд редкой книги.
