Музей истории кораблестроения и кораблестроительного образования является правопреемником музея, созданного в 1902 году при отделении кораблестроения во время открытия Политехнического института Петра Великого. В 1930 году, после создания Ленинградского кораблестроительного института (ЛКИ), отделившегося от «Политеха», музей расположился на Лоцманской улице, дом 3. Был сохранен в годы Великой Отечественной войны, но не пережил 90-е годы. Большая часть экспонатов была передана на кафедры ЛКИ.
В 1990 году Ленинградский кораблестроительный институт одним из первых в СССР получил статус технического университета.
Решение о воссоздании музея было принято в 2005 году.
В 2020 году было принято решение о создании Конгресс-центра Санкт-Петербургского государственного морского технического университета (СПбГМТУ). Благодаря помощи выпускника «Корабелки» Николая Платоновича Патрушева были привлечены спонсорские средства и построен современный комплекс, в состав которого вошел музей.
Открытие обновленного музея состоялось 31 августа 2022 года.
Основная задача музея – показать пути развития русского кораблестроения, его передовой характер, приоритет отечественной научной мысли, открытий и изобретений в области судостроения со времени петровских реформ до сегодняшнего дня.
В центре основного зала — общественное пространство в виде кормы петровского парусника на фоне невской набережной XVIII века. На сферическом экране демонстрируется видеоинсталляция, отражающая миссию университета и музея.
От нее начинаются экскурсионные маршруты, раскрывающие, историю отечественного кораблестроения, историю морской науки, освоения Мирового океана, морской техники и оружия, приоритеты России в кораблестроении и т.д.
Основная часть экспозиции посвящена истории создания и развития старейшего в России образовательного учреждения по подготовке специалистов-кораблестроителей.
Экспозиция основана на подлинных предметах и материалах, их дополняют модели кораблей.
Используются самые современные технологии и инновационные решения в музейном деле с учетом использования последних информационных и мультимедийных технологий. Особое внимание, помимо основной экспозиции, уделено созданию большого количества цифровых тематических коллекций, которые позволяют создать первый в истории России музей по истории отечественного кораблестроения и морского образования.